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cffDNA per inesperti: NIPT for Dummies aggiornato 2016!

Controlla le settimane di gravidanza

 

 

Ogni giorno e su lambertocamurri

press online Romagnamamma Resto del Carlino

 

Today on NIPT

la nostra consulenza genetica pre test con la scelta dell'esame più adatto alle aspettative, e consulenza post test per la interpretazione dei risultati. Questi sono i nostri centri:

 

PADOVA 0496225201 PONTE DI BRENTA Via Bravi, 51

CENTRO BIOMEDICO TERMALE ABANO TERME Via A. Volta, 51 049 667606
www.gruppopavanello.it

 

REGGIO EMILIA 0522792400 Via F.lli CerviI 75
http://centropalmer.it

 

PARMA 0521985454 Piazzale Badalocchio, 3
www.geminimedicina.it

 

PARMA 0521234181 Via Verdi 27/A www.centromedi.com

 

MODENA 059306196 Via Arquà 5 www.poliambulatoriopcm.it

 

OSPEDALE S.PIETRO FATEBENEFRATELLI

ROMA 0633582783 Via Cassia 600

 

 

 

 

 

 

 

 

Previously on NIPT

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DNAbased NON INVASIVE PRENATAL TESTS

 

 

 

 

Come sua abitudine Diana Bianchi interviene sui NIPT all'ACMG e sposta l'asticella verso l'alto; nel suo modo tipico, analizzando problemi e difficoltà, ma alla fine ne esce un imprimatur. Era successo per le prime ipotesi di validazione delle trisomie principali individuate sul cffDNA, ora affronta il "genome wide" NIPT. Tutti sappiamo che Illumina sta perfezionando da tempo l'algoritmo allo scopo di ridurre turbolenze e falsi positivi, in Italia conosciamo i dati di una esperienza clinica onroad assai vicina al concept Illumina, (Fiorentino et al, Prenatal Diagnosis, 2017) con evidenze di assoluto interesse. Now going!

 

Casistiche. I nostri 1800 casi (multitest preceduti da consulenza genetica) da una popoazione a basso-medio indice di rischio a priori. Nessuna sorpresa sulla predittività dei test senza falsi e una prevalenza della T21 abbastanza alta. Bassi i "no result" suddivisi fra "low DNA", "high variance" e obesità. Doppio fallimento in 4 casi di obesità e 2 casi di CNV materne in cromosomi di riferimento.

 

CNV nel plasma materno con whole genome sequencing. Iniziano i report clinici? Dopo gli importanti lavori retrospettivi mirati di Lefkowitz et al (AJOG 2015) e Liu et al (PONE 2016) con risultati prudenti ma incalzanti sulla ricerca di CNV (meglio se >10Mb), stavamo aspettando notizie dei primi lavori prospettici in pratica clinica, curiosi dei dati di PPV. GENOMA Group di Roma, col suo PrenatalSafeKaryo, ha prodotto risultati dell'esperienza clinica prospettica su oltre 11000 casi. Su 13 casi riscontrati di CNV il PPV è risultato del 61%. E' un dato di cui tener conto nelle informazioni alle pazienti sempre più attente all'ampliamento delle anomalie cromosomiche indagabili sul cffDNA.

 

HOTSPOT DI CONSULENZA GENETICA PRENATALE

Il percorso prenatale delle prime settimane di gravidanza sta diventando complesso da quando, al tradizionale test combinato di bitest e misura della translucenza nucale, si è aggiunta la possibilità di indagare in DNA fetale. Da un approccio di screening, dove dalla semplice valutazione del rischio genetico per età materna si sono aggiunte voci per migliorare la sensibilità a discapito della specificità (meno falsi negativi ma più falsi positivi), ora i test raggiungono migliore sensibilità e specificità assieme, definendo quindi nelle risposte non più delle valutazioni di rischio, ma di COMPATIBILITA’ con la anomalia genetica
Ecco dunque che, a tre anni dall’esordio delle tecniche NIPT, la ricerca delle trisomie principali definitivamente validate è un punto centrale di riferimento per diverse strategie.
1. Un test migliore del test combinato ma con i medesimi obbiettivi. Tutti i test in commercio raggiungono questo risultato, le differenze possono stare nelle sensibilità operative a basse percentuali di DNA fetale.
2. Un test che punti progressivamente a colmare la lacuna verso il cariotipo amniotico con tecniche genomiche. I test di seconda generazione si pongono questo obbiettivo con un percorso di validazione in progresso, per ora espresso dalle aziende, non ancora preso in carico dai criteri internazionali.
La consulenza alla paziente non può poi prescindere da segnalare che alcune malattie mendeliane hanno una incidenza di nascite importante e che il Plurigentest arricchisce le informazioni disponibili per affrontare il percorso della gravidanza e del controllo fetale.
La complessità dello scenario disponibile indica in un HOTSPOT DI CONSULENZA PRENATALE il luogo ideale per aiutare la paziente a comprendere e scegliere coscientemente i test adatti a sè. Sono garantiti anche tutti gli stumenti necessari al follow up dei test, gli interventi ostetrici invasivi eventualmente necessari, le tecniche diagnostiche più sofisticate e tempistiche ridotte.

Gli Hotspot operativi sono a Parma MEDI saluser DI VIA VERDI, quello vero (attenzione ai sinonimi). A Reggio Emilia Il CENTRO PALMER DI VIA F.LLI CERVI

 

Che dire, ci è arrivato questo commento da un collega all'estero !!!

"Ho appena visto questo articolo del gruppo di Firenze con la "validazione" del loro test! http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27226231. Riportano 5/381 falsi positivi (1,3%!!!!) e analizzando una popolazione artificialmente arricchita di trisomie, c'e' quindi da aspettarsi che in popolazione generale ne abbiano addirittura molti in piu!! "

 

NIPT 2016 parte in Italia con le fondamenta delle LLGG 2015 del Ministero della Salute (uniche in Europa ci dice Antonio Novelli),la prescrivibilità degli accertamenti diagnostici post test inserita nelle LLGG SIGU (Citogenetica) e DM Salute 2015. Nel campo dei test sta cambiando il network con l'entrata in grande di Roche con Harmony e Synlab-Labco con il test Illumina di 2.a generazione chiamato Neobona ad affiancarsi al capillare Genoma Roma col Prenatalsafe. Le due nuove entrate trasferiranno il test NIPT nella rete dei prodotti di diagnostica di laboratorio incastrato fra glicemia e Fattore V in contratti complessivi. Il territorio non avrà più hotspot ma una rete fittissima. Su tutto vigila Illumina con le sue royalties, si parla di decine di euro a test. I test e gli algoritmi sono sempre quelli storici, i test base (T21,T18,T13) sono validati per tutti e nessuno più si imbarca nella pericolosa china del "mio migliore del tuo". Le poche esperienze home made italiane, in esempio toscane e lombarde, non lasciano al momento segni percettibili. Campi di confronto sono le % di insuccesso del test, la frazione fetale, le indagini aggiuntive. Ma in particolare la consulenza genetica pre (e post) test che (verrà probabilmente scritto) dovrà essere di un esperto in diagnostica prenatale/fetale. Tutti, anche le lobbies, sono al momento in accordo della necessità di un accesso multiprofessionale al test "ecografia+consulenza". La realtà è ancora molto varia e in movimento. In Emilia, "Emilia Network" decide di accogliere nei propri poliambulatori vari tipi di test validati da offrire e modulare sulle preferenze di medici e pazienti. Now going!

 

Dopo le Linee Guida del Ministero della Salute anche il DM sulla appropriatezza prescrittiva aggiunge dei tasselli alle norme che iniziano a regolare il turbolento mondo NIPT. Con un risultato NIPT ad alto rischio di aneuploidia la consulenza genetica deve essere garantita con referto scritto affinchè la gestante possa effettuare IN ESENZIONE le indagini genetiche pertinenti. Ciò si aggiunge alle indicazioni delle Linee Guida con la tassatività di una informativa pre test diretta che si concluda con sottoscrizione di consenso alla esecuzione dei test per i quali sia definita la validazione T21, T18, T13 e in subordine le aneuploidie X e Y. La ricerca di altre anomalie strutturali, comunque indagate, rientra nel range della opzionalità non validata e occorre che sia correttamente comunicate con possibilità di orientamento verso strumenti diagnostici disponibili (liquido amniotico, villi coriali).

 

cffDNA performances in result. 1000 consecutive personal cffDNA counsel supported Harmony tests: maternal age, weks gestation, specificity 100%, sensitivity 100%.

 

The GUIDELINES for NIPT tests (DNA based Non Invasive Prenatal Testing) of the italian Ministry of Health are now available in the english version.

 

La CASSAZIONE si esprime sul dovere informativo, e lo fa con una condanna al risarcimento per la nascita di un bimbo Down da una gravidanza seguita con il routinario test combinato. La corte non ha giudicato l'aspetto prescrittivo ma la carenza di informazioni condivise sul quadro completo di indagini a disposizione per raggiungere i risultati diagnostici desiderati dalla paziente. E' stato ribadito il dovere di fornire indicazioni complete anche nel caso in cui "esami, interventi alternativi o complementari comportino costi o rischi maggiori, essendo rimessa al paziente la valutazione dei costi e dei rischi". E' evidente che una consulenza genetica all'inizio della gravidanza sarebbe lo strumento adatto alla soluzione, esonerando il medico ostetrico dal peso dei dettagli diagnostici ed evitando a lui e al programmatore sanitario semplificazioni pericolose e lesive della informazione dei pazienti. Tag: Cassazione, Mantova, Down.

 

cffDNA Failures in result. 1000 consecutive personal cffDNA tests (Harmony) show a informative result in 98.7% of first sample cases. A double fail is limited to 0.4% of patients belonging to high failure risk groups: 2 from 5 oocyte donation cases and 2 from 4 (over 110kg) obese patients.

 

LABCO e CAM Monza per l'Italia lasciano HARMONY per lanciare un prodotto NIPT europeo di seconda generazione che si avvale di sequenziamento massivo parallelo con lettura "paired end" e della quantificazione diretta della frazione fetale per singolo campione. La brochure NeoBona presenta pacchetti progressivi, dal test validato (LLGG2015 Ministero della Salute) su T21,T18,T13,Y, a quelli successivi con aneuploidie XY e delezioni ancora in cerca di validazione. Tempi e costi competitivi.

 

LINEE GUIDA NIPT DEL MINISTERO DELLA SALUTE. Dopo un lungo e minuzioso lavoro del Gruppo coordinato da Bruno Dallapiccola e Antonio Novelli, vede la luce il documento che definisce lo stato dell'arte delle tecniche NIPT su DNA fetale circolante definendo le linee guida. Prima della pubblicazione il documento ha ricevuto il consenso delle principali società scientifiche coinvolte, SIGU compresa.

 

Da queste pagine siamo stati i primi a tenere il punto sulla questione Frazione Fetale (FF), che ora finalmente matura trovando tardivi paladini che sembrano più stimolati da scopi di cassetta che dal desiderio di trovare una soluzione. Palomaki et al hanno risposto a Takoudes et al e al loro tranello di test blind a sorpresa su pazienti non gravide. Come? Lapalissiano: La provocazione non vale perchè il DNA fetale a 10 settimane c'è, il numero di reads previsto dal MPS è sufficiente a testarlo, un laboratorio che lavora bene in XGS lo trova,....punto, quindi il laboratorio non è tenuto a prevedere un tranello, se tu inganni il problema è tuo. Non fa una piega. Ma, come dice Benn nel bollettino della Società di Diagnosi Prenatale, qualche problema c'è e va affrontato. L'intramontabile Dennis Lo pare trovare una soluzione con un test sul DNA nel plasma size-based che, fra l'altro, pare azzeccare al 100% il controverso 45,X. The Takoudes et al vs. Palomaki et al contest in the search of fetal DNA in non-pregnant women plasma may have a solution in MPS/HGS tests with a new size-based DNA method.

 

Marzo 2015. Premaitha Health and Esperite NV si accordano per distribuire NIPT in Europa basandosi sul modello IONA test. Da tempo questo test è pubblicizzato come il primo interamente certificato CE....che vuol solo dire che non escono i NAS......Genoma CH e il suo Tranquility rientrano nel progetto.

Manchester, UK and Zutphen, the Netherlands – 16 March 2015 – Premaitha Health plc (“Premaitha”, AIM: NIPT) and Esperite NV (“Esperite”, AMS: ESP, Zutphen, the Netherlands) today announce the signing of an agreement under which Genoma SA (“Genoma”, Geneva, Switzerland), the fully owned subsidiary of Esperite will have the right to use Premaitha’s CE-IVD IONA® test for its non-invasive prenatal testing (NIPT) service called TRANQUILITY®. Access to Premaitha’s test will allow Genoma to apply the CE-IVD marking to its NIPT for trisomies 21, 18 and 13.The IONA® test is the first CE-marked in vitro diagnostic (IVD) product for NIPT.

 

NIPT Market! Nuovo anno, nuovi affari. Pare che la moda ora sia di raccogliere campioni poi metterli all'asta a stock presso le aziende esecutrici. Ingegnoso!...Cresce anche il numero di quelli che definiremmo test "generici", le matrioske disorientanti: avevamo Tranquility, ora si aggiunge Aurora, tutti citano la bibliografia storica, offrono performance consolidate ma le paragonano alle pessime qualitò della concorrenza (sic!). Prenotazioni online e call centers.Chi il prossimo?

 

NIPT and Fetal Fraction Individual Report: a first tier item for NIPT guidelines? A gamble? A rate of 1/700 for T21 and of 1.5/100 for FF<4% result in a combined 1/47000 for "false negative (FN) due to undetected low cffDNA". Rare? Yes but with a provisional 2/10000 of FN for fetoplacental discrepancies, the FN for undetected DNA could be the cause of 1/10 of cases. The need of FF individual detection in NIPT reports is well shown in the challenging letter to UOG Director by Takoudes and Hamar.

 

ROCHE compra ARIOSA e quindi il suo gioiello Harmony: un pezzo da 90 calato sul tavolo del futuro NIPT. Metodo semplice, frazione fetale precisa, piattaforma array in arrivo........tutto fa prevedere una diffusione operativa capillare, come è stato per il DNA microarray.

Roche to Acquire Ariosa Diagnostics to Gain Foothold in NIPT, Cell-free DNA Testing Markets. Dec 02, 2014
NEW YORK (GenomeWeb) — Roche will acquire non-invasive prenatal testing provider Ariosa Diagnostics of San Jose, Calif. The purchase price was not immediately available, and the acquisition is expected to close this month.Ariosa offers the Harmony Prenatal Test, a blood test that gauges the risk of trisomies 21, 18, and 13 as well as sex chromosome abnormalities from circulating fetal and maternal cell-free DNA starting at 10 weeks of pregnancy. Unlike some other NIPT that analyze total DNA, the Harmony test uses a targeted approach that focuses on DNA from the chromosomes of interest."The acquisition of Ariosa is another example of Roche's commitment to advanced molecular diagnostics," said Roland Diggelmann, COO of Roche Diagnostics, in a statement. He added that circulating cell-free DNA promises to provide diagnostic information "in many important segments," including pregnancy, cancer, and transplantation.

 

Does Fetal Medicine Foundation cut Harmony paradigm?. Recent issues by the FMF guru, Dr. Nicolaides, are supporting Harmony test but seem to dump the FORTE algorithm: DNA fetal fraction and personal prevoius risks are extracted and seem to be used for a new statistical model with other factors. Details.

 

Accerchiati da tutti i lati! Come era facile intuire Illumina ha iniziato a diffondere la sua tecnologia e gli operatori sanitari oltrechè le pazienti vengono ogni giorno colpiti da nuovi prodotti, che poi son sempre gli stessi, ma tutti hanno un nome nuovo e sono migliori degli altri. Oltre ai marchi fondatori avevamo Prenatal Safe, Safe Test, G-Test, ora incontriamo Tranquillity e Prenataltest. Noi li conosciamo, ma tutti possono dire altrettanto? Noi che siamo a disposizione per colloqui e consulenze a supporto del test siamo pronti a rispondere a ogni quesito, ci siamo fatti una "word reference"!

 

News in fall 2014. Con l'autunno arrivano molte novità. Sequenom pubblica i dati di specificità/sensibilità del suo MaterniT21 Plus: confermata la altissima specificità delle trisomie, si alza un pò il dato del falsi negativi, rimarcando che quando gli studi superano i 50000 casi i dati di sensibilità diventano leggibili e si allineano con le previsioni dettate dai dati sul trofoblasto CVS; c'è solo da capire il ruolo della fetal fraction insufficiente nei test a sequenziamento massivo dove non c'è il dato individuale di frazione fetale. Anche la specificità delle microdelezioni mostra i suoi primi dati. Ariosa presenta il suo progetto che supera il sequenziamento per spostare il suo Harmony DANSR su piattaforma array e ottenere un test più affidabile (molti più marcatori), veloce e riproducibile, quindi periferizzabile: (GenomeWeb) — Affymetrix and Ariosa Diagnostics today announced that they have signed a multi-year agreement under which Affymetrix will supply arrays and instruments for use in Ariosa's Harmony non-invasive prenatal test.The deal "opens up the possibility to further broaden access to the Harmony test via a kit decentralization strategy," Ariosa CEO Ken Song said in a statement. Under such a strategy other laboratories would be able to run the array-based test in house.The announcement follows the publication of an Ariosa study in Fetal Diagnosis and Therapy earlier this year, which demonstrated that array-based testing of cell-free DNA in maternal blood generated more consistent data in a shorter period of time and at a lower cost than the company's existing sequencing-based assay.Ariosa has said it believes the lower cost of array-based NIPT will allow it to fulfill its goal of providing broader access to testing. In a release, the companies said the partnership will allow Ariosa's test to be adopted and performed by other laboratories around the world.

 

NIPT for DUMMIES: DNA libero fetale nel sangue materno per inesperti. Schede dalle nostre lectures aggiornate. Clic the dummy.

 

Ariosa Harmony in Italia inizia a sdoppiarsi. L'indagine sulle aneuploidie dei cromosomi sessuali esce dal pacchetto e diventa opzionale. Il Core Harmony T21,T18,T13,sex diventa più economico! Dove e come qui

 

Maggio 2014. Quattro appuntamenti per discutere di cffDNA circolante in sangue materno, performances dei tests e biologia della placenta. 8 Maggio a Udine (CAM Meeting), 16 Maggio a Bologna (GYNEPRO), 29 Maggio a Padova (RDI Limena), 4 Giugno a Parma (Clinica Ostetrica UNIPR).

 

Romagna Mamma ha gentilmente richiesto un commento alla polemica su NIPT innescata da Claudio Giorlandino. Potete leggerlo qui. Ci hanno raggiunto voci, alle quali stentiamo a credere, che la struttura romana di Claudio Giorlandino, Artemisia, pur osteggiando il test Harmony, parimenti lo vende alle pazienti........la sinistra non sappia ciò che fa la destra......

 

Monza il 31 marzo il Corso ECM - CAM su: NIPT dai trials alla pratica clinica, introduciamo con l'esperienza sul campo, la genetica della placenta, i limiti dei test, l'informazione ai pazienti. Thomas Musci presenta le prime elaborazioni dei dati NEXT su 18000 casi consecutivi di cui qua sotto abbiamo dato i primi flash. Il giorno seguente a Roma il meeting SIGU sulle medesime tematiche vede di nuovo Thomas ampliare il dibattito scientifico stimolando un dibattito vario e moderato. Talmente interessanti i dati che non si fa attendere la violenta risposta del lobbismo ostetrico di Claudio Giolandino con deliranti comunicati stampa sugli effetti devastanti delle procedure non invasive per la salute pubblica. Un pesce di aprile a cui hanno poco abboccato anche i forum più allarmistici.

NIPT on field restricted download

I primi dati dello studio NEXT presentati da Mary Norton il 28 marzo a Nashville: i nostri Tweet ci segnalano:

1.NIPT con cffDNA per la trisomia 21 nella popolazione generale ha risultati paragonabili a gruppi ad alto rischio

2.NIPT con cffDNA per la trisomia 21 da migliore detection rate (< falsi negativi) e < falsi positivi degli screening biochimici. FPR 0.06% contro 5.4%

 

L'abstract dei dati NEXT presentati al ACMG Meeting oggi pomeriggio (venerdi 28)

Non-invasive EXamination of Trisomy (NEXT) Study: Directed Cell-Free DNA Analysis versus 1st Trimester Combined Screening for Trisomy 21 Risk Assessment in a Large Routine Pregnancy Population

Background
Non-invasive prenatal testing (NIPT) with cell-free DNA (cfDNA) has been shown in several studies to be highly accurate for fetal trisomy evaluation in high-risk pregnant women. The performance of NIPT in a routine pregnancy population has yet to be evaluated in a large prospective study.
Objective
To compare the performance of NIPT with directed cfDNA analysis to first trimester combined screening (FTS) for fetal trisomy 21 risk assessment in a general pregnancy population.
Methods
A prospective multi-center blinded cohort study was undertaken comparing the HarmonyTM Prenatal Test, a directed cfDNA test, with FTS using first trimester PAPP-A, hCG and nuchal translucency measurement. Pregnant women with a singleton fetus presenting in the first trimester for routine prenatal screening for fetal aneuploidy were eligible. Participants had both FTS and Harmony testing performed. Women were provided with FTS results as part of routine care. Participants and care providers were blinded to Harmony results, calculated as probability scores. Pregnancies were followed for newborn outcomes. Invasive testing results or neonatal phenotype, with karyotype confirmation in cases of suspected aneuploidy, were used for trisomy 21 identification. Harmony, FTS results and outcomes were reported to an independent data coordinating center. The primary outcome was the comparison of the area under the ROC curve for trisomy 21 test performance of the Harmony and FTS tests.
Results
A total of 18,955 women were enrolled across 38 centers in the United States, Canada and Europe from March 2012 to April 2013. The mean maternal age was 30.6 (range: 18-52) years and the mean gestational age was 12.4 (10-14.3) weeks. As of this submission, 16,286 subjects have completed all study visits with 88% of eligible subjects successfully completing follow-up. The last delivery date was November 25, 2013

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Inizia il tour di presentazione dei dati di: The NEXT Study (Non-invasive EXamination of Triosmy), a direct head-to-head comparison of current first trimester screening against the Harmony test in the general pregnancy population. Thomas Musci riferirà su una popolazione di 19000 casi consecutivi. Il 28 marzo a Nashville al meeting ACMG, il 29 a Firenze al meeting SGI, il 31 a Monza al meeting Labco-CAM, e infine il 1 Aprile a Roma al meeting SIGU Gruppo congionto Citogenetica e Genetica Molecolare

 

Sembrava un piano ordinato, lo statement SIGU lo faceva prevedere, ma.......ecco la riunione GDL Sanità su nipt a 5 giorni dal meeting di Roma, talmente frettolosa da avere i "calls for contributors"!..........Ci spiace per Mafalda, ma ....

 

Il futuro del X Generation Sequencing: il sequencer "one-size fits-all" non è già nel menu, ma qualche soluzione potrebbe esserci. Una review su piccoli strumenti alternativi alle potenti macchine centralizzate.

 

Commissione SIGU ha pubblicato nel portale della società lo Statement di indirizzo sulle indagini NIPT. Nulla di nuovo, ma un passo necessario. Sarà oggetto di discussione nella tavola rotonda della riunione congiunta dei GDL Citogenetica e Genetica Molcolare a Roma il 1 Aprile (Programma Formativo SIGU2014), quando anche Thomas Musci anticiperà i dati del primo survey clinico prospettico tratto dal progetto NEXT

 

Molte sono le ancore piantate nel fondale e l'inconscio desiderio di protezione degli utenti maschera quello di proteggere se stessi e il proprio sistema di riferimento: cffDNA NIPD > NIPT > NIPS. Una distinzione tentata per evidenziare la prudenza necessaria per analisi in progress, non certo per ingabbiare progetti e obbiettivi sicuramente diagnostici.

 

Oggi 24 gennaio siamo s Genova a Villa Serena a parlare di NIPT cffDNA nel Corso ECM DIAGNOSTICA PRENATALE organizzato dal Prof. Giorgio Bentivoglio. Facciamo il punto dell'esperienza on field in attesa del large clinical sudies in arrivo nei prossimi mesi...

 

Sequenom: First Catalyst Is EU Patent Jan 8, 2014 7:57 PM
After the market closed today, Sequenom announced that the European Patent Office issued a new patent on January 1, 2014 (EP2183693 B1). This patent, entitled "Diagnosing Fetal Chromosomal Aneuploidy Using Genomic Sequencing", invented by Drs Dennis Lo, Rossa Chiu and Kwan Chee Chan of the Chinese University of Hong Kong. This patent is exclusively licensed to Sequenom and covers the European Union, and also includes Liechtenstein, Monaco, Norway and Switzerland.

 

Lunedi 9 Dicembre 2PM all'Ospedale di Varese - Fondazione Macchi, sotto l'egida di Rosario Casalone ci lanciamo nell'interpetazione dello stato dell'arte dei test cfDNA fetale NIPT....assieme a Faustina Lalatta. La sintesi? Il clinico deve ben conoscere i dettagli dei test che offre e i meccanismi dei loro limiti e pregi; li deve offrire alla paziente perchè l’aumento delle possibili scelte- opzioni garantisca il rispetto dell’autonomia, soprattutto per ottenere un consenso di qualità: “consent given voluntary, sufficiently informed, by someone with the capacity to give a consent".

 

Arrivano i ciprioti! NIPD Genetics. NIPD Genetics Limited is currently raising capital of up to four million Euro. This second round of equity financing also includes follow-on commitments from existing investors. The company will use these funds to expand its team and increase its capacity to accelerate completion of its upcoming large clinical validation study and commercial introduction of its NIPD21 test for Down syndrome.

Sequenom MaterniT21 Plus Additional, first clinical data, case report: the finding suggesting the 1p36 deletion syndrome in a patient over 40age with low risk for trisomies revealed a false positive result after a-CGH follow up in amniocytes.

Il Test Harmony è rimborsato dalle polizze sanitarie delle principali Compagnie Assicurative......con la accortezza di specificare: "test genetico".

 

NIPT marketing competition. Statistic for dummies: z-score e DANSR a confronto. Leggere le interpretazioni dei test statistici associati alla elaborazione dei dati NIPT fa comics: il codice binario non come assunto ma come risultato, PRESENZA - ASSENZA del dato oggetto del test. XGS for dummies: MPS, massive parallel sequencing, cioè massivo.....non massimo, che alla fine è la stessa cosa, ma potrebbe suonare un pò meno...disordinato, insomma...più appealing! Tutti i test considerati nei confronti hanno sequenziamento parallelo e elaborazione statistica, e di tutti la validazione viene dai trials che, fino a prova contraria, hanno prodotto risultati sovrapponibili.

Ricomincio da 3. La regione toscana finanzia un progetto trial su 1300 pazienti per validare la metodica cffetalDNA-NIPT dedotta dalla esperienza internazionale. Il tutto all'Ospedale Careggi.

 

Sequenom ripende fiato dopo il report dei risultati del 3° trimestre, che mostrano un miglioramento dei parametri critici anche dopo l'annullamento del patent in USA per le indagini NIPT.

Ariosa Harmony beats Sequenom MaterniT21. 31 Ottobre. La Corte Distrettuale della Nord California ha invalidato il patent di Sequenom per MaterniT21 e ha di fatto, dichiarando che il patent copriva fenomeni naturali non brevettabili, reso libero l'accesso alle tecniche NIPT negli Stati Uniti. La decisione è stata presa in controtempo rispetto alle voci di pochi giorni fa che si attendevano un non pronunciamento a breve. Il colpo è stato pesante, il titolo SQNM ha perso un altro 20% arrivando ai super minimi storici rendendo così delicata l'attesa del bilancio del terzo trimestre previsto per il 7 novembre.

October, 31. The Northern California District Court invalidates patent underlying Sequenom's MaterniT21, saying the patent covers a phenomenon of nature, which is unpatentable and agreeing with Ariosa, supporting Harmony and the freedom to develop new, innovative and market leading technologies to provide new prenatal genetic testing. Sequenom disagrees and intends to appeal the decision but, in the meantime, its SQNM change downgrades again with a 22% loss.

 

Predicting the Future for NIPT. Boston MA, September 2013. Advances in prenatal Molecular Diagnostics. Un panel di rispetto, anche se nel pieno del conflitto di interessi: Diana Bianchi, R. Wapner, D. Ledbetter, JL Simpson, ha vivacizzato le giornate definendo i microriarrangiamenti submicroscopici il target futuro della diagnostica di routine prenatale, magari realizzata sul cfDNA in sangue materno, la tanto sognata NIPDiagnosis.

In attesa dei 20000 casi con follow up neonatale di Ariosa Harmony previsti per inizio 2014, oggi Sequenom Maternity21 Plus, in occasione del secondo anniversario, amplia il pannello con trisomia 16 e 22 e con varie microdelezioni elencate nel text. Intanto il mercato pare indifferente alla novità e il titolo continua il crollo in borsa al minimo storico: grande sfiducia nelle capacità commerciali dell'azienda. Verifica importante il 7 Novembre con i risultati del 3Q financial results.

"Sequenom Laboratories will begin reporting on these select, clinically relevant microdeletions, including 22q11.2 deletion syndrome (DiGeorge), Cri-du-chat syndrome, Prader-Willi/Angelman syndrome, 1p36 deletion syndrome, as well as trisomies 16 and 22 the last week of October. Results from a method validation study demonstrated high performance of the MaterniT21 PLUS test (>99 percent specificity) in accurately detecting these autosomal trisomies and select microdeletions".

 

Italian cabbages.....who's who. Ci continua a risultare incomprensibile la necessità di fare scatole cinesi per nascondere scelte commerciali dettate, alla fine, da convenienze economiche. Mentre CDI Milano offre Sequenom MaterniT21 e la rete LABCO-CAM offre Ariosa Harmony, per contro due marchi ghost utilizzano uno Natera Panorama e/o Harmony, l'altro Verinata Verifi. Quest'ultimo è la soluzione del cabbage più recente di cui ci siamo occupati. I test comunque passano dagli US, i tempi sono 2 settimane, i metodi e le performances sono quelle dichiarate dalle ditte house. Il resto è la solita fanghiglia italiana, con il dumping crescente. L'esperienza commerciale della citogenetica, devastante, pare non abbia insegnato nulla.

Labco-CAM di Monza, corso ECM sugli screenings NIPT; a Milano, Venerdi 20 settembre. Folta la partecipazione, medici, biologi, ostetriche per un programma denso e incalzante. Relazioni di alto livello, dati i relatori titolati ma che hanno portato dati ed esperienze aggionatissime. Bianchi, Prefumo e Persico hanno sviscerato gli aspetti dello screening prenatale classico del primo trimestre, mentre Dalprà, Cirigliano e Musci si sono dedicati alla nuova realtà NIPT. Passati i tempi euforici della propaganda è stata dedicata grande cura ai dettagli tecnici dell'analisi, con pregi e limiti, nonchè la importanza delle informazioni ai pazienti, cosa nella quale la esperienza di Harmony in Italia è sicuramente avanzata. Per ora, in attesa degli atti, Scarica il programma

 

Italian cabbages.....again. Avevamo chiesto chiarimenti sul test italiano propagandato via mail. Ovviamente non ci aspettavamo risposta, che però indirettamente si presenta con questo specchietto: certo la classe non è acqua e la sintassi un optional! A forza d sentir botte su Ariosa, vien da pensare che Harmony sia proprio invidiato. Però una domanda rimane: se il test non è un service di quelli valutati dagli statements ufficiali, ma è tutto italiano, su che casistica si basa?

Separazione del plasma in provette CE. Risolto il problema degli Streck tubes, sebbene rimanga il dubbio di legittimità del provvedimento: la provetta non va a contatto col paziente, quindi non è dispositivo sanitario soggetto a label CE, ma di laboratorio, non regolamentato se non dalla good practice.

Test a confronto per chi non è updated...e tutti sono eseguiti in USA.

 

Non è facile far quadrare i conti (2)...Terribile effetto borsa alla presentazione dei dati Sequenom del secondo quarto di anno ove, a un aumento del fatturato, ma nche dei costi di produzione, ha corrisposto un ritardo nei pagamenti dei clienti istituzionali, assicurazioni e altro. SQNM ha perso 1,5$ (su 4,5). La successiva joint con CBMX, discussa company di microarrays diagnostici, non ha per il momento giovato a SQNM, che faticosamente tenta il rimbalzo pur rinfrancata da un outlook favorevole (6,5$ a un anno).

Nel Congresso di Parigi: le companies si confrontano, le casistiche danno T21 0,3% falsi negativi di Ariosa, si consolida la bassa attendibilità della T13 attribuita, ma non del tutto, agli scarsi numeri. Vale la prudenza e si conferma il ruolo fondamentale del consenso informato, personalizzato e dettagliato....

Non è facile far quadrare i conti (1)...from SeekingAlpha, May,22. Sequenom, Inc. (SQNM) is having a great deal of success lately in the non-invasive prenatal diagnostic market. According to Sequenom's CEO Harry F. Hixson Jr., the Blue Cross and Blue Shield Association has made the company's testing services available to its members. Aggressive scaling of its sales force has netted the company record revenues for Q1 2013.

Unfortunately, Sequenom's penetration into the prenatal testing market hasn't been cheap. The distance between the company's top and bottom lines continues to grow almost as fast as its sales force.Further fueling my doubts about Sequenom's ability to execute is rising competition from promising start-up Natera and Verinata Health, which both provide testing for similar chromosomal abnormalities. Verinata was recently purchased by Illumina, (ILMN) a company with a large existing sales force and several years of proven profitability.

 

Ariosa Harmony è il primo test ad essere distribuito in Italia. Il consenso sottoscritto dalla paziente e l'esito dichiarano il valore probabilistico e la possibilità di falsi negativi o positivi.

Nel nord-est Gruppo Pavanello Sanità (www.gruppopavanello.it).

In Emilia a Gemini Medicina a Parma (www.geminimedicina.it) e Centro Palmer (http://centropalmer.it) a Reggio Emilia.

A Roma Genarte, sezione di Genetica Mrdica di ArtemisiaLab, Direttore Scientifico il Prof. Bruno Dallapiccola (www.artemisialab.it)

 

And now the ACMG statement about NIPScreening:The statement clearly emphasizes NIPS as a screening, and not diagnostic, test. It goes on to highlight the advantages of higher detection rates and lower false positives rates associated with NIPS versus maternal serum screening, and it underscored the importance of first trimester ultrasound regardless of screening modality. ACMG recommends both pre-test and post-test counseling to inform women about NIPS tests in regards to benefits and limitations. As a screening test, NIPS can lead to both false positive and false negative results.

False negative at a glance in NIPTest. Una domanda che da tempo ci siamo posti chiedendo ripetutamente alle companies di quantificare i falsi negativi, poichè nel sibillino 1-2% di "missed diagnosis" pensavamo che si celasse anche il falso negativo. Ora inizia ad affiorare la casistica, e sarà opportuno tentare una quantificazione. Ecco il report dell'ACMG

ACMG, Presenters Discuss False-Positive, False-Negative NIPT Results. March 25, 2013.

While non-invasive prenatal tests allow patients and their healthcare providers to assess the risk of fetal aneuploidy in a pregnancy, presenters at the American College of Medical Genetics and Genomics annual meeting Friday cautioned that sometimes the screens return false-positive or false-negative results. Currently, four US companies —Ariosa Diagnostics, Natera, Sequenom, and Verinata Health, which is now owned by Illumina — offer such non-invasive prenatal screening. Holli Drendel said during her presentation that NIPT is a screening tool, not a diagnostic one. Christopher Osborne presented the case of a 37-year-old woman who, due to advanced maternal age, underwent screening using Verinata's test. Her results were indicative of aneuploidies at chromosomes 13 and 18. Follow-up amniocentesis and SNP microarray assessment, however, showed a normal, male fetus. Thinking there might have been a lab error, Osborne had the test run again, but it gave the same results. Further, a third specimen was later sent to Sequenom for analysis with its test, but it was unable to report any results. He and his team suspected that the problem might be confined placental mosaicism. They received consent from the patient to receive a sample of the placenta for biopsy, but postpartum examination of that tissue ruled mosaicism out as a cause. Two weeks after delivering a normal, male infant, the patient complained of worsening pelvic pain and she was diagnosed with metastatic small cell carcinoma of vaginal origin. "We do think the abnormal [screen result] was driven by circulating cell-free tumor DNA," Osborne said. Indiana's Drendel presented the case of a 36-year-old woman whose non-invasive prenatal test from Sequenom indicated a risk for trisomy 13. Additionally, chorionic villus sampling showed a mosaic karyotype while G-banded analysis of amniotic fluid was normal. The infant was examined one day and 83 days after birth and showed no signed of trisomy 13. Cord blood, obtained postpartum, was normal. However, karyotyping of four quadrants of the placenta, also postnatal, showed mosaicism for trisomy 13, indicating confined placental mosaicism, Drendel said. By contrast, Rachel Allen, a genetic counselor at Lescale Maternal Fetal Medicine in New York State, presented two cases in which non-invasive prenatal screens returned false negative results. In the first case, a 35-year-old woman who had conceived through intrauterine insemination received non-invasive prenatal screening results indicating that no aneuploidy had been detected. However, ultrasounds increasingly show evidence of a chromosomal defect — screens conducted during the first trimester estimated a one in six risk for Down syndrome and a one in 36 risk for either trisomy 13 or trisomy 18. Finally, an amniocentesis confirmed that the fetus had trisomy 21. Similarly, in the second case, this time involving a 37-year-old woman, the non-invasive prenatal screen conducted during the first trimester indicated that everything was within the normal range, while ultrasounds indicated increased risk of Down syndrome. Pathological testing following termination confirmed trisomy 21. After contacting the test provider, Allen said that for the first case the test did not pick up a sufficient fraction of fetal DNA, and thus the returned results were based mainly on maternal DNA. She said she has requested the same information regarding the second case, but she has not yet heard back.

Tufts Geneticist Diana Bianchi on Noninvasive Prenatal Testing

Actually, the preferred term is now noninvasive prenatal testing (NIPT), because it is not yet diagnostic. NIPT using massively parallel sequencing (MPS) of maternal plasma DNA is available clinically in the United States and represents the largest clinical application of sequencing currently being done. The US companies offering it are: Sequenom, Verinata Health, Ariosa and Natera.  The first large scale clinical trial to use MPS to detect trisomy 21 came out of Dennis Lo’s laboratory in Hong Kong, using an international consortium of samples with a high prevalence of trisomy 21. They published their results in 2011, which turned out to be a watershed year in which five large-scale clinical trials that looked at the accuracy, sensitivity, and specificity of detecting aneuploidy in high risk pregnant women were published. Until last year, laboratory scientists performing most of the trials were not blinded. The Sequenom trial that came out in October 2011 was the first to be a prospective blinded clinical trial. The second was the Verinata one, on which I’m the first author. We presented the results of this study at the annual Society for Maternal Fetal Medicine meeting in February 2012. All of the clinical trials, whether they were performed in Lo’s lab, or at one of the US companies, showed exceptional performance, with a higher detection rate than serum screening and a lower false positive rate. The technology works by sequencing cell-free total DNA in the pregnant woman’s plasma. When you perform the sequencing, you don’t extract the fetal DNA, you’re extracting the total cell-free DNA from the mother, which consists of a mixture of mom’s and baby’s DNA. An incremental increase in the amount of chromosome 21 sequence is found when the fetus has trisomy 21. It’s surprisingly sensitive. The “fetal” DNA is actually not from the fetus but rather from the placenta. In the Verinata clinical trial, we were doing about 12 million reads per sample. Both Verinata and Sequenom are using a whole genome approach, whereas Ariosa performs targeted sequencing of SNPs on chromosomes 18 and 21. Their number of reads is consequently much lower. As for the analysis, Sequenom uses a z-score approach, and they modify what’s normal and abnormal pretty much with runs on a daily basis, which is very similar to what’s done with serum screening. Verinata has a set of proprietary normalized chromosome values that they’ve developed. They establish the values and they serve as a permanent reference. They don’t change it on a day-to-day basis, so it’s more standardized.

NSGC (National Society of Genetic Counselors)

Implications of a negative result. There are false-negative results, so a negative result cannot absolutely rule out an affected fetus. A laboratory
may provide a risk score, allowing the clinician to quantify risk for trisomy.

Detection rate for trisomy 21
At least 99% of all pregnancies with trisomy 21 can be detected using this test.
However, up to 1 in 100 pregnancies with trisomy 21 will have a normal result and be missed on screening. More..

False positive risk 0.5% and pick up rate 98% (no data or false negative) suggest the TEST definition. (Reuters Health) - New, non-invasive tests for chromosomal disorders should be reserved for pregnant women with a higher-than-average risk of having a baby with Down syndrome, doctors said this week. The screening tests, which find small amounts of DNA from the fetus in the blood of pregnant women, can help diagnose a few genetic disorders starting late in the first trimester. Women at higher risk include those who are 35 and older, have a family history of genetic disorders or have abnormalities spotted on their ultrasounds...more

NIPalmostD...Diagnosi Prenatale Non Invasiva, quasi.. Philip Bayliss presenta lo stato dei trials commercialmente rilevanti per la diagnosi prenatale su ffDNA, il DNA fetale libero nel sangue materno.

One major question mark for the noninvasive trisomy testing sector is the contentious legal landscape. All three US-based companies are currently embroiled in lawsuits with each other, along with Natera, which has not yet launched a trisomy test, but plans to (CSN 1/18/2012).The major patent in question is US Patent No. 6,258,540, a broad patent assigned to Dennis Lo of the Chinese University of Hong Kong, to which Sequenom holds exclusive rights. Sequenom has said that any test that uses sequencing to analyze fetal DNA from maternal plasma would be infringing on this patent.However, both Verinata and Ariosa are seeking declaratory judgments that their respective tests do not infringe on the '540 patent (CSN 2/29/2012 and CSN 12/21/2011). Verinata also holds IP in the space that it has licensed from Stanford University (CSN 9/7/2011).Sequenom has also sued Ariosa for patent infringement and is seeking an injunction against the company to halt the use and development of its Harmony test (CSN 2/29/2012 and CSN 1/25/2012).